I primi missionari arrivarono nella zona della Cordigliera alla fine del XVI secolo. Nel XVII le attività dei missionari si rafforzarono, dopo la morte di alcuni francescani e gesuiti, creando di una casa centrale di missionari a Tarija (1690).
Tra il 1762 e il 1767 i francescani fondarono altre missioni, nella parte di Chuquisaca, Tarija, Avapo, Masavi-Saipuru e Gran Parapetí.
En las misiones, por primera vez, nuestra lengua fue escrita. Los misioneros aprendieron el guaraní para hablarnos, no para borrarnos.— Bartomeu Melià, sj · "El guaraní conquistado y reducido"
Le Riduzioni
Lo scopo dei missionari era quello di convertire gli indigeni alla fede cristiana e concentrarli in villaggi chiamati Riduzioni, dove si insegnavano il catechismo, i doveri religiosi, l’aritmetrica, e si incentivava l’agricoltura e l’allevamento del bestiame.
In molte occasioni gli indigeni rifiutavano il legame con i missionari, perché nelle loro comunità disponevano di risorse sufficienti per vivere liberi e indipendenti: inoltre si richiedeva la monogamia cosa che i capi chiriguano rifiutavano. D’altra parte, i proprietari delle aziende agricole desideravano che i missionari educassero i chiriguano, per poi farne peones e servi.
Nelle missioni gesuitiche nacque uno stile musicale unico, il cosiddetto "barocco missionario", che fuse polifonia europea e strumenti e melodie guaraní. Questa musica, riscoperta negli anni '90, è oggi eseguita anche dalla scuola di Arte e Musica del Chaco fondata da padre Tarcisio nelle comunità di Palmarito e Santa Rosa
La relazione con i Missionari
Gli indigeni ricorrevano ai servizi dei missionari in alcuni casi:
- per evitare, con il battesimo, che i bambini in pericolo di morte, morissero;
- per risolvere alcuni conflitti sorti all’interno delle comunità;
- per difendere alcune comunità da altre nazioni;
- per chieder loro di fare da intermediari in liti o gravi situazioni dinanzi alle autorità spagnole.
Generalmente i missionari erano ben accetti; ma quando giungevano nelle comunità i guaraní si riunivano in assemblee per valutare se lasciarli insediare o meno.